¡Hola!
Nunca he ido a Japón, pero tengo amigos que sí han ido.
Las horas del viaje son lo peor, una vez que llegues desearás aislarte un poco y dormir. (A no ser que hayas aprovechado el avión para echar una cabezada).
Si quieres disfrutar de Japón en su estado puro, ve a una "casa" tradicional. Exactamente no sé cómo funciona, pero me han hablado de alquiler de habitaciones (no en el centro de la ciudad, eso es carísimo) con su estructura tradicional, con tatami, etc. Además, hay gente que ofrece su servicio con el precio del alojamiento, así te despreocupas de comprar la comida o buscar un sitio económico para poder comer.
Te recomiendo que antes de lanzarte a la aventura te informes muy bien del sitio a dónde vas a ir. Tienes que tener presente que sus costumbres no son iguales a las occidentales. De hecho, incluso a la hora de comer tienen sus normas como por ejemplo no mojar en salsa el arroz del sushi (según me contó una amiga), eso les parece una especie de ofensa. En las casas no usan calzado, se descalzan a la entrada. Y no se puede tirar basura en la calle (no hay papeleras...no sé por qué), mi amiga quedó sorprendida por esto, dice que tienes que llevarte la basura porque sino, te pueden penalizar.
En fin, es otro mundo...Muy diferente. Sin embargo, tiene que ser maravilloso sobretodo por sus edificaciones.
Ya nos contarás qué te ha parecido.