Hola Toni,
el aluminio sin pintar no se oxida y también se puede pintar si quieres, utilizar la dremel va a ser un poco drástico empieza con una lija muy suave ya que el aluminio es resistente pero a la hora de trabajarlo es muy blando, el tratamiento de pintura que llevan las ventanas es lacado, por lo que si quieres una terminación igual deberás utilizar laca en vez de pintura.
Mi consejo es que antes de lijar revises bien si los rodamientos de las ventanas están correctos y después examina el riel donde apoyan en el marco , otra solución es pegar una tira de plástico en el riel para q los rodamientos vayan más suaves, así eliminas las imperfecciones del riel sin tener que tocarlo. Le pasas una lija suave donde vayas a aplicar el pegamento,? pegas una tira de plástico o goma de un grosor de un milímetro,y la ventana irá más suave.
Saludos